O Museu situa-se na Rua de Guerra Junqueiro, em frente da sinagoga.
No jardim encontra-se uma epígrafe de pedra em memória do Grão-Rabbi Isaac Aboab, a maior autoridade religiosa no século XV, que viveu e morreu no Porto, depois da expulsão dos judeus de Espanha, tendo sido sepultado pelo matemático e astrónomo Abraham Zacuto.
Mais à frente, numa grande vitrina, está preservada uma carroça-prisão da Inquisição, usada no filme "1618".
À entrada no edifício, uma mensagem em hebraico, que pode ser traduzida assim: “Pelo mundo afora, onde um judeu encontrar um português, que o ajude; e onde um português encontrar um judeu, que o ajude também.”
A primeira sala contém inúmeros objetos relevantíssimos para a religião judaica – os rolos da Torá, uma réplica do Templo de Jerusalém, os volumes do Talmude, a obra Mishné Torá de Moisés Maimonides, o shofar e até um candelabro de ouro.
É feita uma viagem plurissecular, que começa com Abraão, que cumpria as chamadas Sete Leis de Noé, e prossegue com a história dos seus sucessores, a chegada ao Egipto, a epopeia que conduziu os hebreus ao Monte Sinai e à conquista de Canaã, o reinado de David, as dez tribos perdidas, a destruição do primeiro Templo, a destruição do segundo e a partida dos judeus para o exílio, incluindo a península Ibérica, onde durante séculos conviveram sucessivamente com romanos, germanos, muçulmanos e católicos.
Fora da primeira sala, a viagem, acompanhada por recortes fílmicos de todas as épocas, mostra ao visitante o ambiente da comunidade judaica medieval, os apelidos dos judeus que então viviam no território que hoje é Portugal, a epígrafe do sinagoga de Monchique, o Édito de expulsão decretado pelo rei D. Manuel, as vagas migratórias de judeus portugueses para todos os continentes e três séculos de inquisição.
Conforme descoberta muito recente, o regresso dos judeus à cidade do Porto deu-se no século XIX, alguns antes mesmo da abolição oficial da Inquisição em 1821. Os "retornados" eram judeus sefarditas provenientes sobretudo de Marrocos e Gibraltar.
Não se conhecem as razões pelas quais a referida comunidade sefardita não se desenvolveu e foi desaparecendo na cidade. No final do século XIX, muito poucos são os seus membros e a comunidade judaica da cidade é já essencialmente ashkenazita, sobretudo alemã, vindo a desenvolver-se muito durante e imediatamente após a Primeira Guerra Mundial, com a chegada de judeus de Bielorrússia, Ucrânia, Rússia, Polónia e Lituânia.
Em 1923, foi aceite, no seio das famílias ashkenazim, um casal de judeus portugueses, ambos convertidos, encabeçada por um militar de grande vigor e intelectualidade que, superando a natureza introvertida de dezassete irmãos de fé da Europa Central e de Leste, convenceu-os a constituir legalmente uma associação chamada “Comunidade Israelita do Porto” (CIP) - semelhante à “Comunidade Israelita de Lisboa” (CIL).
A partir de 1926, o único português da comunidade encabeçou um projecto pessoal, com a ajuda da comunidade sefardita de Londres, para tentar converter ao judaísmo os marranos em geral, então milhares em todo o país, tentativa da qual resultou, paga pela diáspora sefardita, a grande sinagoga Kadoorie Mekor Haim, mas não um único judeu oficial à luz da lei judaica.
Durante e depois da construção do edifício da sinagoga, este ficou entregue às poucas famílias Ashkenazi da cidade e acabou por desempenhar um papel importante no acolhimento de refugiados durante a Segunda Guerra Mundial, seguindo-se todavia décadas de grande vazio e desolação.
No século XXI, muito por força da legislação de 2013/2015 que devolveu a nacionalidade portuguesa aos judeus sefarditas, a comunidade rapidamente cresceu para centenas de judeus, originários de trinta países.
A parte do Museu referente ao século XXI mostra inúmeras atividades religiosas e culturais, bem como cartas recebidas de personalidades relevantes em todo o mundo.
O Museu tem uma sala de cinema com lotação de cinquenta pessoas.
As últimas salas do Museu, com uma vista esplendorosa para a sinagoga, contêm, uma, uma garrafeira de vinho do Porto, marca da cidade tal como a comunidade judaica; e, outra, inúmeros prémios ganhos em festivais de cinema a respeito de filmes que a comunidade produziu num projecto, único no mundo, com a Diocese do Porto, que envolve ações de beneficência. Existe ainda uma sala, inaugurada em 2021, sobre a Operação Entebbe.
O Museu Judaico do Porto insere-se numa estratégia da comunidade judaica local de combate ao antissemitismo - estratégia que também inclui visitas de escolas à Sinagoga Kadoorie Mekor Haim; filmes sobre a história dos judeus em Portugal; cursos para professores do ensino secundário e outros interessados em temas relacionados com o judaísmo e a história dos judeus; e visitas ao Museu do Holocausto da cidade.